Apa yang terjadi jika dua orang saling mencintai tetapi tidak ditakdirkan untuk bersama? Takaki Toono dan Akari Shinohara adalah teman masa kecil, tetapi keadaan di luar kendali mereka memisahkan mereka. Mereka berjanji untuk tetap berhubungan, dan meskipun perkembangan waktu memperlebar jarak di antara mereka, rantai kenangan tetap ada.
Byousoku 5 Centimeter adalah drama romantis yang berfokus pada realitas duniawi dan kenyataan pahit dari hubungan jarak jauh. Terjebak di masa lalu dan tidak dapat membuat kenangan baru, Takaki dan Akari berpegang teguh pada harapan untuk bertemu kembali. Mereka menjalani kehidupan sehari-hari dengan setengah hati, menyakiti diri sendiri dan orang-orang di sekitar mereka.